Filip Nereusz przeżył w oderwaniu od ziemskich więzów,  po tym jak  opuścił wszystko ze względu na Jezusa, jedenaście lat. Pomimo upływu tak długiego czasu, wciąż jeszcze nie wydawało się, żeby doprowadziło go to do jakiegoś konkretnego czy znaczącego celu. Ktoś mniej miłujący, czy mniej niż on umarły dla siebie samego, mógłby z tego powodu doznawać pokusy zwątpienia: „Czy nie pomyliłem się i nie rozeznałem błędnie woli Bożej?”. Nie stanowi najmniejszego zarzutu względem Filipa przypuszczenie, że ta długa zwłoka była dla niego próbą.

W końcu jednak, po jedenastu długich latach cierpliwej nadziei i oczekiwań, otrzymał swoją nagrodę. Przez całe swoje życie Filip żywił szczególne nabożeństwo do Trzeciej Osoby Trójcy Przenajświętszej. Jako osoba świecka modlił się codziennie o dary i łaski Ducha Świętego. W roku 1544, krótko przed Uroczystością Zesłania Ducha Świętego – jak miał to w zwyczaju — przebywał w katakumbach. Z wyjątkową żarliwością prosił o napełnienie Duchem Świętym. Wtem ukazała się mu świetlista sfera, niczym kula ognia, która wchodząc przez usta przeszła do piersi Filipa. W tym samym momencie odczuł w sobie płomień gwałtownej miłości. Wydawała się żarzyć niczym materialny ogień i to do tego stopnia, że, nie będąc w stanie znieść trawiącego go gorąca, Filip rzucił się na ziemię i rozdarł swoje ubranie. Po jakimś czasie gorąco zaczęło ustępować. Gdy Filip podniósł się z ziemi nadzwyczajna radość uniosła jego duszę, a całe ciało zostało wstrząśnięte jakimś niepojętym drżeniem. Kiedy położył swoją rękę na boku, na wysokości serca, zauważył, że miejsce to było nabrzmiałe, nie powodując przy tym jednak najmniejszego nawet bólu.

Przez pozostałą część życia powtarzały się  u Filipa palpitacje serca, a na jego piersi widoczny był guz. Najlepsi rzymscy lekarze próbowali go leczyć, jednak bezskutecznie. Ostatecznie doszli oni do wniosku, że owe palpitacje miały ponadnaturalne pochodzenie. Po śmierci Filipa odkryto również powód opuchlizny na klatce piersiowej – okazało się, że dwa jego żebra były złamane i uniesione, tworząc tym sposobem dodatkową, otwartą przestrzeń dla serca świętego.

Owe palpitacje nadprzyrodzonego pochodzenia nie trwały nieustannie – miały one miejsce wtedy, kiedy Filip był zaangażowany w czynności duchowe, takie jak odprawianie Mszy św., udzielanie rozgrzeszenia lub Komunii, modlitwa czy rozmowy o Bogu. Były one przy tym tak gwałtowne, iż mogło się wydawać, że jego serce za chwilę wyskoczy z piersi; wstrząsało krzesłem na którym siedział lub łóżkiem na którym leżał a nawet stopniami ołtarza na którym odprawiał Mszę św.; czasem nawet cały pokój w którym przebywał wibrował tak, jak ma to na ogół miejsce podczas trzęsienia ziemi. Niektórzy z jego penitentów zaświadczyli, że gdy przyciskał ich do piersi, jak to miał w zwyczaju, odczuwali bicie jego serca jakby uderzenia młota, w tym samym czasie doświadczając wielkiej duchowej pociechy.

Palpitacjom tym towarzyszyło tak wielkie odczucie gorąca, że nawet nocą, w najchłodniejsze dni, Filip był zmuszony otwierać okna swojego pokoju i używać każdego dostępnego środka aby się ochłodzić. Zazwyczaj nosił habit odpięty aż do pasa, a kiedy zimą przyjaciele wymawiali mu  taką nieroztropność, odpowiadał, że nie może postępować inaczej, gdyż bardzo cierpi z gorąca.

Pewnego razu, gdy był już bardzo posunięty w latach, zdarzyło się, że spacerował po Rzymie z kilkoma swoimi młodymi penitentami. Na około panowała śnieżyca. Gdy on, jak zazwyczaj, paradował radośnie z rozpiętym habitem, jego towarzysze z ledwością znosili dotkliwe zimno. Nagle zaczął się z nich śmiać mówiąc: —„Wstyd! wstyd! że tak młodzi ludzie kulą się z zimna gdy starzec tak dzielnie je znosi”.

Papież Grzegorz XIII wydał w tym czasie zarządzenie, aby spowiednicy udający się do konfesjonału zakładali na siebie komże. Filip poszedł więc na audiencję do jego Świątobliwości, oczywiście z rozpiętym habitem; gdy Papież wyraził swoje zdziwienie faktem pojawienia się u niego Filipa w takim stroju, święty odpowiedział: —„Nie mogę nawet zapiąć mego habitu, a wasza Świątobliwość nakazuje mi nakładać dodatkowo komżę”. —„Nie, nie – odpowiedział Papież – to zarządzenie jest przeznaczone dla innych, nie dla ciebie”. Tym sposobem uzyskał sobie Nereusz specjalną dyspensę od tego przepisu.

Najbardziej niezwykłymi okolicznościami, związanymi z jego palpitacjami, było to, że nie sprawiały mu one żadnego bólu i że był w stanie je kontrolować. Na krótko przed śmiercią powiedział do kard. Fryderyka Boromeusza, bratanka św. Karola: —„Nie myśl, że to sprawia mi jakiś ból, czy kiedykolwiek sprawiło – zawsze byłem tak wolny od bólu związanego z tym jak jestem teraz. Co więcej, mogę zahamować to kiedy chcę. Nigdy jednak nie robię tego w czasie gdy się modlę, ponieważ nie chcę żeby takie myśli mnie rozpraszały”.

Po tym jak otrzymał Ducha Świętego w widzialnej postaci, Filip doświadczył wielkiego pomnożenia odczuwalnej pobożności. Jego gorliwość często zwiększała się do takiego stopnia, że, nie mogąc znieść ognia miłości wewnątrz siebie, rzucał się na ziemię i tarzając się po niej wykrzykiwał: —„Dość już, Panie, dość!”. Wreszcie któregoś dnia, będąc owładniętym tym sposobem, rzucił się na ziemię, a wielka potrzeba zadośćuczynienia doprowadziła do tego, że zawołał: —„Mój Boże, nie mogę tyle znieść; mój Panie, nie mogę tego znieść. Przestań, Panie, albo umrę!” Jego modlitwa została najpewniej wysłuchana, gdyż od tego czasu odczucie pobożności zaczęło stopniowo w nim zanikać, tak że będąc już starcem zwykł mawiać: „Będąc młodym byłem bardziej duchowy niż jestem teraz”.

Nie ma w tym nic dziwnego, że będąc tak wypełnionym Bogiem, często mawiał: „Dla tego, kto prawdziwie kocha Boga, nie ma nic bardziej dokuczliwego niż życie”, czy: „Prawdziwi słudzy Boga spoglądają na życie z cierpliwością i pragną śmierci”.

Filip nigdy nie zatrzymywał się na tym nadprzyrodzonym darze i ze zwykłą sobie pokorą czynił wszystko co mógł, aby go ukryć. Mówił o palpitacji jako o naturalnej chorobie lub złym nawyku, którego nabawił się w młodości. Nosił też na piersi chustkę w celu ukrycia guza nad sercem.